Santrauka

Sužinokite, kaip „FoundationOne“ gali nustatyti pažaidas 315 su vėžiu siejamų genų ir 28 atrinktuose intronuose.1
Nustatymas biožymenimis

“FoundationOne®“ maksimaliai padidina tikimybę rasti biožymenis, kurie gali būti susiję su efektyviu gydymu

„FoundationOne“ gali maksimaliai padidinti gydymo variantų pasirinkimą, nustačius genomines keturių tipų pažaidas su vėžiu siejamuose 315 genų ir 28 atrinktuose intronuose.1 Be to, „FoundationOne“ gali nustatyti mikrosatelitų nestabilumo (MSI) ir naviko mutacijų kiekio (TMB) biožymenis, kurie vis dažniau siejami su imunoterapijos veiksmingumu.2,3

 

 

 

„FoundationOne“ gali nustatyti 4 genominių pažaidų tipus bei su atsaku į imunoterapiją siejamus biožymenis2–4

Kokie genai yra tiriami „FoundationOne®“ metodu? Kokie genai yra tiriami „FoundationOne®“ metodu?
Genai, kurie tiriami „FoundationOne“ metodu

Kokie genai yra tiriami „FoundationOne®“ metodu?

Genai, kurie tiriami „FoundationOne“ metodu
Dabar tiriamų genų sąrašas
  • A-B
  • C-D
  • E-F
  • G-J
  • N-P
  • K-M
  • Q-S
  • T-Z
Dažni genų persitvarkymai
  • A-C
  • D-F
  • G-I
  • J-L
  • M-O
  • P-R
  • S-U
  • V-Z
Didesnis tikslumas

„FoundationOne“ pirmauja klinikinėje genominio profiliavimo srityje – nustatoma daugiau pažaidų, negu kitais tyrimo metodais5–8

Palyginus su kitais metodais, pavyzdžiui su fluorescentine in situ hibridizacija (FISH) ir imunohistocheminiu (IHC) tyrimu, „FoundationOne“ pažaidų nustatymo lygis yra didesnis, nes naudojama hibridinė naujos kartos sekoskaitos (NGS) metodika. NGS metu nuskaitoma visa kodavimo regionų informacija, esanti šimtuose genų, kurie, kaip žinoma, yra susiję su vėžio atsiradimu. Tolygus genų sekvenacijos procesas užtikrina didelį tyrimo jautrumą, kai nustatomos tiek dažnos, tiek retos pažaidos.5–8 Ši metodika leidžia identifikuoti dažnas ir retas mutacijas.4 Tyrimo procesas yra greitas, todėl, radus pakitimų, gydytojai gali greitai reaguoti. „FoundationOne“ genomo profiliavimą sustiprina viena iš išsamiausių pasaulyje pacientų genominių duomenų bazė ir remia pasauliniai tam tikrų sričių ekspertai, todėl užtikrinamas aukštos kokybės, išsamus tyrimo atsakymas ir galimybė susisiekti su ekspertais, jeigu, gavus atsakymą, reikėtų papildomos pagalbos.

„FoundationOne“ gali papildyti diagnozę ir praplėsti pacientų gydymo galimybes, nes šiuo tyrimu nustatomos kliniškai reikšmingos genominės pažaidos, kurių kiti įprastiniai metodai gali nenustatyti6–11
Tradiciniai įprastiniai metodai, pavyzdžiui IHC, išlieka svarbūs diagnozuojant kai kuriuos vėžio tipus, kai vienu biožymeniu galima nustatyti, ar yra specifinė mutacija, kuri yra siejama su registruoto gydymo sėkme. Išsamaus genomo profiliavimo metu galima nustatyti daug biožymenų ir mutacijų vienu metu, iš anksto nežinant taikinių (kai prieš tiriant nežinoma, kokių taikinių ieškoma). Tai ypač svarbu tokiais atvejais, kai nelabai aišku, kokius žymenis reikėtų tirti.6–11
„FoundationOne“ gali nustatyti pažaidas, kurios atsiranda sergant įvairiais vėžio tipais4

„FoundationOne“ metu atliekamas išsamus genomo tyrimas, todėl prieš tyrimą nebūtina nurodyti ieškomos pažaidos. Įrodyta, kad atliekant tradicinius genomo tyrimus, kai ieškoma iš anksto gydytojo nurodytų pažaidų, galima nepastebėti galimai kliniškai svarbių pakitimų.6–11 Tyrime, kuriame buvo surinkta 7300 solidinių navikų mėginių, buvo bandoma nustatyti galimą taikinių terapijos naudą prieš žinomo onkogeno ERBB2 (dar žinomo kaip HER2), kuris būdingas krūties, skrandžio ir gastroezofaginiams (GE)navikams, pakitimus. Šiame tyrime ERBB2 pažaidos buvo nustatytos 27 skirtinguose audiniuose, o ERBB2 amplifikacija, kuri buvo nustatyta GE jungties, krūties ir skrandžio navikų audiniuose, sudarė tik 30% visų nustatytų ERBB2 pažaidų.7

Išsamiu hibridiniu NGS metodu galima nustatyti šias genomines pažaidas - bazių pasikeitimus, persitvarkymą, insercijas, delecijas  ir amplifikacijas skirtingų navikų audiniuose. Šio tyrimo rezultatai akivaizdžiai parodo, kad, palyginus su dabar praktikoje naudojamais standartiniais metodais, išsamus genominio profilio tyrimas gali tiksliau atrinkti pacientus, kuriems būtų veiksminga ERBB2 taikinių terapija.**7

Pacientai, kuriems išsamaus genomo profilio tyrimo metu gali būti nustatytos kliniškai reikšmingos mutacijos7
Braukti į šoną
„FoundationOne“ išsamus genominio profilio tyrimas gali nustatyti daugiau pažaidų, negu NGS „karšto taško“ tyrimas4,17,18
NGS “karšto taško” tyrimo (amplikono pagrindu) metu nuskaitomi tik tam tikrų genų, kurie yra siejami su vėžio atsiradimu, regionai arba “grupės”. Šis tyrimas yra išsamesnis už fluorescentinę in situ hibridizaciją (FISH) arba atvirkštinės transkriptazės polimerazių grandžių reakciją (AT-PGR), tačiau be papildomo FISH tyrimo, yra gana ribotas – buvo nustatyta, kad be papildomo FISH, “karšto taško” genų analizė gali nenustatyti iki 50% kliniškai reikšmingų NCCN gairėse rekomenduojamų tirti pažaidų.17 Šis tyrimo metodas su dideliu jautrumu nustato bazių pasikeitimus, bet jo jautrumas, nustatant mažas insercijas arba delecijas, yra žemas.18 naudojant NGS “karšto taško” metodą, galima nepastebėti daugelio pažaidų, o atliekant išsamų genominio profilio tyrimą su “FoundationOne”  (hibridizacijos užėmimas) ištiriama daugelio su vėžiu siejamų genų >99% koduojančių sekų.4
„Karšto taško“ tyrimas nustato mažiau pažaidų, negu išsamus genominio profilio tyrimas4,17,18
„Karšto taško“ tyrimas nustato mažiau pažaidų, negu išsamus genominio profilio tyrimas4,17,18
Braukti į šoną

__

„FoundationOne“ pirmenybė prieš NGS „karšto taško“ metodą, nustatant genetines pažaidas, yra įrodyta keliuose tyrimuose:

NESMULKIALĄSTELINIU PLAUČIŲ VĖŽIU (NSLPV) SIRGUSIŲ PACIENTŲ
17% (12/71) buvo nustatyta EAFR 19-o egzono delecija, kuri buvo neigiama po NGS “karšto taško” analizės.5
NSLPV ATVEJŲ
Be papildomo FISH tyrimo “karšto taško” tyrimas gali nenustatyti iki 50% pažaidų, kurios gali būti gydymo taikiniais, ir kurių ištyrimas molekulinio profiliavimo metodu yra rekomenduojamas NCCN gairėse.17
GAUBTINĖS IR TIESIOSIOS ŽARNOS VĖŽIO ATVEJŲ
88% prognostinių KRAS pažaidų yra už “karšto taško” regiono- 12/13 kodono- ribų, todėl galėjo būti nenustatytos ankstesniuose “karšto taško” tyrimuose.19
Literatūra
  1. FoundationOne technical information.
  2. Chalmers ZR et al. Genome Med 2017; 9:34.
  3. Castro MP et al. J. Immunother 2015; 3:58.
  4. Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  5. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 13:3281–3285.
  6. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  7. Chmielecki J et al. Oncologist 2015; 20:7–12.
  8. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  9. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  10. Bridge JA. J Orthop Sci 2008; 13:273–282.
  11. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  12. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  13. Hu L et al. Biomark Res 2014; 2:3.
  14. Lin F and Prichard J (eds). Handbook of Practical Immunohistochemistry 2015. Frequently Asked Questions, 2nd edition. Springer Science+Business Media 2015.
  15. Pekar-Zlotin M et al. The Oncologist 2015; 20:316–322.
  16. Leong T Y-M et al. Adv Anat Pathol 2010; 17:404–418.
  17. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  18. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21:3631–3639.
  19. Rankin A et al. The Oncologist 2016; 11:1306–1314.