masthead

„FoundationOne®“ metodu galima tirti įvairių solidinių navikų profilius

„FoundationOne®“ solidinių navikų tyrimuose

„FoundationOne“ yra išsamus ir patvirtintas tyrimo metodas, kurio metu ištiriama daugiau kaip 99% koduojančių regionų 315 su vėžio atsiradimu susijusių  genų bei kai kurie intronai 28 genuose, kurių pakitimai dažnai randami sergant solidiniais navikais. „FoundationOne“ metodu galima nustatyti keturis genominių pažaidų tipus – bazių pakeitimus, insercijas ir delecijas, skaičiaus pakitimus ir kai kuriuos genų persitvarkymus. Dabartinės mokslinės ir praktinės literatūros duomenimis, sergant solidiniais navikais, atsiranda pokyčiai minėtuose 315 genų ir 28 intronuose, todėl jie buvo pasirinkti „FoundationOne“ analizei.1 Be to, „FoundationOne“metodu be papildomų tyrimų, lėšų ir laiko sąnaudų galima nustatyti naviko mutacijų kiekį (angl.TMB) ir mikrosatelitų nestabilumą (angl.MSI).2,3

Iki šiol „FoundationOne“ metodu buvo ištirta daugiau kaip 150000 pacientų.4 Šis vėžio genomo profilio tyrimas naujos kartos sekoskaitos (angl.NGS) metodu buvo patvirtintas darbo grupėje apie tai buvo paskelbta žurnale „Nature Biotechnology“.5 Sukaupti duomenys padeda plėstis išsamiai „Foundation Medicine“ genomo duomenų bazei - „FoundationCORE“.6 „Foundation Medicine“ glaudžiai bendradarbiauja su žinomomis pasaulyje farmacijos bendrovėmis. Šis bendradarbiavimas užtikrina, kad sukūrus naują taikinių terapijos medikamentą, „Foundation Medicine“ sistema naujus vaistus susies su naviko pažaidomis pagal naujausius įmanomus standartus.

Ar „FoundationOne“ tinka visiems vėžio tipams?

„FoundationOne“ naudojamas solidinių navikų profilio tyrimams - visiems vėžio tipams, retiems ir nežinomos kilmės vėžiniams susirgimams, bei recidyvavusiems arba metastazavusiems solidiniams vėžiams tirti. „FoundationOne“ gali būti naudingas tiriant pacientus, kuriems įprastiniai tyrimo ir gydymo metodai yra išnaudoti.1,7 

Šis tyrimo metodas gali papildyti įprastus diagnostinius tyrimus, kai reikia pasirinkti tarp daugelio gydymo variantų arba atvirkščiai, kai gydymo variantų beveik nėra, arba, kai nustatomos nebūdingos arba retos solidinių navikų genominės pažaidos.8–10

Klinikinė genominio solidinių navikų profilio reikšmė

Moksliniai tyrimai tęsia genų, kurie paskatina vėžio atsiradimą (onkogenų), paiešką. Jų atradimas padidino terapinių taikinių skaičių ir atitinkamai paskatino taikinių terapijos solidiniams navikams gydyti vystymąsi. Didėjant žinomų vėžinių genų skaičiui, auga ir taikinių, kuriuos gali veikti specifiniai vaistai, skaičius.5,10,11

Gydymo sprendimams priimti svarbios ne tik genominės pažaidos, bet ir kiti atrasti biožymenys -  TMB ir MSI. Jeigu genominiai vėžio atsiradimą skatinantys veiksniai prieš tyrimus yra nežinomi, tokiais atvejais yra naudinga atlikti išsamią analizę „FoundationOne“ metodu.2,3,5

Iš anksto numatyti, kokia solidinio naviko genominė pažaida bus svarbiausia kliniškai, yra sudėtinga. Kiti tyrimo metodai gali nenustatyti kai kurių genominių pažaidų, todėl gali būti nepasirinktas efektyviausias gydymo būdas.8,12–15
Literatūra
  1. FoundationOne technical information.
  2. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  3. Chalmers Z.R et al. Genome Med 2017; 9:34.
  4. Genomeweb. Foundation Medicine Q3 revenues up 45 percent. Available at: https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/foundation-medicine-q3-revenues-45-percent [accessed November 2017].
  5. Frampton, G.M. et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  6. Foundation Medicine. FoundationCORE press release, June 2016.
  7. Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2015; 14:1488–1494.
  8. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 16:3631–3639.
  9. Ross JS et al. Cancer 2016; 17:2654–2562.
  10. Hirsch FR et al. Lancet 2016; 388:1012–1024.
  11. Aitken M et al. Global Oncology Trend Report 2015. Available at: http://keionline.org/sites/default/files/IIHI_Oncology_Trend_Report_2015.pdf (accessed November 2017).
  12. Aitken M et al. Global Oncology Trend Report 2015. Available at: http://keionline.org/sites/default/files/IIHI_Oncology_Trend_Report_2015.pdf (accessed November 2017).
  13. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  14. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  15. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  16. Pao W and Girard N. Lancet Oncol 2011; 12:175–180.
  17. Jordan EJ et al. Cancer Discov 2017; 6:596–609.
  18. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  19. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  20. National Comprehensive Cancer Network (NCCN) NSCLC guidelines, Version 9, 2017.
  21. Dillon JL et al. The Breast 2016; 29:202–207.
  22. Stephens P.J et al. Nature 2012; 7403:400–404.
  23. Eralp Y. Tranl Oncogenomics 2016; 8:1–7.
  24. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 22:3281–3285.
  25. Chmielecki J et al. Oncologist 2015; 20:7–12.
  26. Yuan Y et al. Oncotarget 2012: doi: 10.18632/oncotarget.14476.
  27. Roche Foundation Medicine data on file.
  28. Masucci GV et al. Int J Immunother Cancer Res 2016; 4:16.
  29. National Cancer Institute (NIH). NCI dictionary of cancer terms. Available at: https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms?cdrid=285933 [accessed November 2017].
  30. Sinicrope FA. Nat Rev Clin Oncol 2010; 7:174–177.
  31. The Cancer Genome Atlas Network, Nature 2012; 487:330–337.